
Vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát nằm ở phía tây vùng đất thấp miền Đông Nam Bộ. Địa hình khá bằng phẳng, độ cao tuyệt đối từ 5–10 m trên mực nước biển. Con sông lớn nhất trong khu vực là sông Vàm Cỏ Đông. Con sông này bắt nguồn từ Campuchia, đồng thời cũng là một đoạn của biên giới dài 16 km giữa Việt Nam và Campuchia.